درصد بالایی از بارداری های دوقلو درنتیجه ی کاربرد روشهای ART در مراکز ناباروری حاصل می گردند که این موضوع اندیکاسیون استفاده از متدهای اسکرینینگ غیر تهاجمی مانند NIPT را دراین موارد پررنگتر می سازد.
تفسیر NIPT در بارداری های دوقلو به مراتب مشکلتر از بارداری های تک قلو می باشد زیرا اگر تریزومی در یک بارداری دی زایگوس رخ دهد معمولاً یکی از قُل ها یا جنین ها تحت تاثیر قرارمی گیرند. درحالیکه محتوای cffDNA در خون مادری حاصل مشارکت هردو جنین می باشد و به همین علت درصد cffDNA می تواند دراین بارداری ها تا دوبرابر متغیر باشد. به عبارتی اگرچه آستانه ی درصد مشتق جنینی (fetal fraction%) برای انجام موفقیت آمیز NIPTچهاردرصد می باشد اما در واقع این درصد متعلق به دوجنین - یکی یوپلویید و دیگری آنیوپلویید می باشد ( co twin) .
درهم تنیدگی” ff “دو جنین در بارداری های دوقلو درپلاسما ی مَترنال، نگرانی هایی درباره ی افزایش پتانسیل میزان منفی کاذبNIPT در این نوع بارداری ها ایجاد کرده است .
در پلاسمای مادری( cffDNA(cell-free fetal DNA نشاندهنده ی یک منبع ماده ی ژنتیکی جنینی می باشد که باروش غیر تهاجمی و براحتی قابل دسترس است. مطالعات فراوانی درباره ی تأیید صحت و کارایی NIPT در بارداری های تک قلویی انجام شده است .به طوریکه آنالیز cffDNA مَترنال برای اسکرینینگ تریزومی های ۲۱،۱۸ و۱۳ به ترتیب دارای قدرت تشخیص(detection rate)۹۹/۷و ۹۲ درصد وcombined FPR=0.4 می باشد. درحالیکه پژوهش های منتشر شده درباره ی کاربرد و کارایی ( efficacy ) کلینیکال NIPT برای غربالگری آنیوپلوییدی های جنینی در حاملگی های دوقلو(twin pregnancies) اندک و محدود می باشد.
در یکی از پژوهش های گذشته نگر طی اسکرینینگ ۴۳۲ حاملگی دوقلو با متد NIPT نتایج زیر حاصل شد؛ با پیگیری کیس های مورد بررسی ، فیدبک ۳۷۳ کیس ، تحت آنالیز آماری قرارگرفت که در بین آنها پنج نتیجه ی مثبت حقیقی(true positive) ، دو مثبت کاذب (false positive) و بدون منفی کاذب (false negative)گزارش شد و در نهایت حساسیت و اختصاصیت NIPT در حاملگی های دوقلو به ترتیب ۱۰۰ و ۹۹٬۵۳ درصد به دست آمد.
ازمیان پنج نتیجه مثبت حقیقی، چهارنتیجه مربوط به حاملگی های دی کوریونیک دی آمنیوتیک (DCDA) بود که شامل یک مورد تریزومی ۱۸ و سه مورد تریزومی ۲۱ بودند. یک کیس هم مربوط به حاملگی مونوکوریونیک دی آمنیوتیک ( MCDA ) که درتشخیص نهایی تریزومی ۲۱ به دست آمد. از دو کیس مثبت کاذب ِیکی T7 و دیگری آنیوپلوییدی جنسی تشخیص داده شدند.
تکنیک غیرتهاجمی NIPT به علت حساسیت و اختصاصیت بالا قادرست در بارداری های دوقلویی که هردو جنین سالم هستند، مادر را از پذیرش ریسک روشهای تهاجمی نجات دهد.همچنینNIPTِتقریبا ً فقط توان افتراق بارداری های دارای آنومالی های جنینی با اندیکاسیون تست های تشخیصی - تهاجمی دریک جنین را دارد. درحالیکه در زنان حامل دو قُل آنیوپلویید، هنوز NIPT قابلیت تشخیص آنومالی هردو جنین را ندارد.